Program kerja LPASB Borneo Center merupakan program jangka pendek, jangka menengah, dan jangka panjang secara kelanjutan, yang meliputi :
- Melakukan penelitian-penelitian ilmiah, baik penelitian naskah, penelitian lapangan, penelitian pengembangan, dan sebagainya di kawasan Kalimantan guna pengembangan ilmu pengetahuan dan pemetaan masalah sosial budaya.
- Menjalin kerjasama penelitian dan rekayasa sosial dengan lembaga-lembaga penelitian, dunia usaha, lembaga pemerintah, dan lembaga donor dalam negeri dan luar negeri.
- Melakukan pertemuan-pertemuan ilmiah dalam skala local, regional Kalimantan, Asia Tenggara, Asia, dan dunia internasional guna membahas isyu-isyu strategis dan temuan-temuan ilmiah fundanebtal dibidang agama dan sosial budaya Kalimantan.
- Merancang peta pemikiran berupa pendekatan, teori, dan metode pengembangan masyarakat Ialam dalam konteks pembangunan di bumi Kalimantan.
- Memberikan layanan pendidikan, penelitian, jasa konsultasi, dan advokasi bagi pengembangan institusi pendidikan Islam dan institusi sosial keagamaan.
- Menyebarluaskan hasil-hasil penelitian dan pemikiran ilmiah tentang keberagamaan dan sosial budaya Kalimantan berskala internasional.